基孔肯雅热的主要传染源是携带基孔肯雅病毒的伊蚊，包括埃及伊蚊和白纹伊蚊。人类和灵长类动物是病毒的储存宿主。
伊蚊通过叮咬感染者或患病动物后获得病毒，病毒在蚊体内繁殖后可通过再次叮咬传播给健康人群。热带和亚热带地区因伊蚊活跃度高，成为基孔肯雅热的高发区域。埃及伊蚊偏好室内环境，常见于积水的容器中；白纹伊蚊则多栖息于室外植被茂密处。这两种蚊虫的叮咬高峰通常在清晨和傍晚。
除蚊媒传播外，极少数情况下可通过母婴垂直传播或输血传播。孕妇感染后可能经胎盘传染胎儿，导致新生儿出现发热、皮疹等症状。输入性病例的血液若未经筛查直接输注，也可能造成医源性感染。此类传播途径虽概率较低，但需在流行地区加强监测。
预防基孔肯雅热需重点做好防蚊灭蚊措施，清除居住环境积水容器，使用蚊帐和驱蚊剂。前往流行地区若出现突发高热、关节剧痛等症状，应及时就医并告知旅行史。目前尚无特效抗病毒药物，治疗以缓解症状为主，多数患者2周内可自愈，但关节疼痛可能持续数月。
