肠镜检查相对安全，一般不会对人身体造成伤害；但少数情况下，也可能会引起肠道并发症。
肠镜检查时，医生会将比食指稍粗的肠镜由肛门放入，然后循着肠腔观察患者全部肠道，从而了解肠道内有无异常病变。然而与B超和CT相比，肠镜属于创伤性检查，因为肠镜检查时，少数情况下可能引起并发症发生，其中最主要的并发症是肠道出血、穿孔等。如果肠道有狭窄或者先天异常，在进镜过程中，可能会穿破肠腔，造成肠穿孔，但这种情况的发生概率较低；如果肠镜下对息肉等病变进行切除处理，则导致肠穿孔的风险可能会增高。
如有需要，建议患者在专业医生的指导下，接受规范的肠镜检查，以避免不良情况发生。